Приложение к Указу от 31.12.2005 г № УП-720 Устав
Перечень научно-исследовательских институтов, над которыми академия наук республики башкортостан осуществляет научно-методическое руководство
1.ФГУН "Уфимский научно-исследовательский институт медицины труда и экологии человека" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации.
2.ГНУ "Башкирский научно-исследовательский институт сельского хозяйства" Российской академии сельскохозяйственных наук (с опытными хозяйствами).
3.ГУП "Научно-исследовательский институт безопасности жизнедеятельности" Управления по чрезвычайным ситуациям при Правительстве Республики Башкортостан.
4.ГУП Башкирский научно-исследовательский проектный институт строительных материалов "БашНИПИСтром" Министерства строительства, архитектуры и транспорта Республики Башкортостан.